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筛选出税率为零的发票，这些发票是 2016 年 5 月 1 日前缴纳了营业税，而在 2016 年 5 月 1 日后开具的增值税发票。查验与发票对应的收款收据以及记账凭证，以此来确认收款日期。核对收款日期所属月份的预收账款明细账的本期发生额与当期的营业税申报表金额，从而确认相关业务的真实性。存在 2016 年 5 月 1 日后收款的情况，且发票税率为零，那么可以确定纳税人少缴了增值税。
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核查方法为：逐月去核对预收账款贷方本期发生额 A 以及预缴增值税申报表申报额 B 。如果 A 比 B 大，那么应补缴的增值税额就等于（A - B）除以 1.11（或者 1.10、1.09、1.05）后再乘以 3% 。
3. 因冲减预收账款而少交了增值税。
若已扣除，应补缴增值税。
核查是否有收到定金的情况，是否有收到保证金的情况，是否有预收房款的情况，并且这些款项是否未按规定预缴增值税
办理预售许可证之前所收取的定金以及保证金等款项，在办理预售许可证之后，开发企业收到的预收房款（包含房产、地下室、储藏室等）会被计入其他应付款或者短期借款。随后，这些资金会以向个人借款的名义被使用，并且不会预先缴纳或者拖延缴纳增值税。
5. 以便于进行核对。刷卡 Pos 链接账户（包含个人账户）的购房款刷卡明细金额，是扣除了 pos 机手续费用后的余额；开发企业入账金额则是未扣除刷卡手续费的金额，二者存在不一致的情况，在核对相关数据时需要加以注意。若要进一步核对，可前往银联商务等清算方查询未扣手续费前的资金明细状况。
核对所有银行账户按月的本期收到房款数额与本期预收账款贷方发生额。每月都要进行这样的核对。如果本期收到房款数额大于本期预收账款贷方发生额，那么应补缴的增值税额就等于（本期收到房款数额减去本期预收账款贷方发生额）除以 1.11（或者 1.10、1.09、1.05）再乘以 3%。
核查是否存在视同销售未按规定申报缴纳增值税的情况
核查的方法是查看开发企业的销售费用账户以及记账凭证和原始凭证，看是否有无偿赠送物品的金额。如果存在无偿赠送的情况，就应该按照适用的税率来计算并补缴增值税。
- 未按照规定申报缴纳增值税。
通过对比同等条件（同楼层、同户型）的房产，看是否存在没有正当理由，销售价格明显偏低地销售开发产品，从而少交增值税的情况。
核查方法包括：核对同等条件下（同楼层、同户型）的网签合同内容；核对同等条件下（同楼层、同户型）的收款凭证；查看是否存在同房不同价的情况。
核查是否存在以房换取土地使用权未按规定申报缴纳增值税的情况
城中村改造和旧城改造的模式不一样，税务处理也存在差异。从安置房建设主体这一角度来看，可以分为以下三种情况：
房地产开发企业通过“划拨”这种方式取得安置用地。
2.由村委会通过通过“招拍挂”或“划拨”方式取得安置用地;
政府平台公司通过“划拨”这种方式取得安置用地。
政策解析：从业务实质方面来看，第 1 种方式可作如下划分：其一，开发企业进行房地产销售；其二，以销售房地产所得去购买土地使用权。并且，这两笔业务需分别依据销售开发产品以及购买土地成本来进行税务处理。
4. 同时审查销售额的确定，看其是否符合税法规定。
3. 未按规定申报缴纳增值税。
政策解析：开发企业销售“无产权”的车位，其本质是“转让永久使用权”。这种情况下，应按照销售或者出租不动产来缴纳增值税。需要特别留意的是，倘若房地产公司所开发的项目中可供销售的建筑面积不包含该车位的建筑面积，那么在计算销售额时，该车位就没有对应的“土地价款”，应当以取得的全部价款和价外费用作为销售额。
核查方法包括：核对开发企业建筑规划中人防工程设施的面积，以及与实际销售面积的差额；分析开发企业往来账户中收取业主车位的各项费用。
未按规定申报缴纳增值税。
政策解析：开发企业销售“无产权”的车位，实际上为“转让 永久使用权"，应按销售或者出租不动产缴纳增值税。需要注意的是，如果房地产公司所开发的项目可供销售的建筑面积“不包括”该车位的建筑面积，那么，计算销售额时，该车位无对应的“土地价款”，应以取得的全部价款和价外费用作为销售额。
核查方法：核对开发企业建筑规划中人防工程设施的面积与实际销售面积的差额，分析开发企业往来账户中收取业主车位的各项费用。
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3. 未按规定申报缴纳增值税。
个别房地产企业把售房款分成两部分，一部分记在账内，另一部分记在账外。例如：销售阁楼、停车位、地下室以及精装房装修部分时，单独开具收款收据，所取得的收入未按规定记入账中；私自更改规划增加销售面积，将增加面积部分的收入隐匿起来；私自建造违建阁楼、车库、仓库，对外销售使用权并开具收款收据，把这部分隐匿收入未进行申报纳税等。
核查方法：
实地察看楼盘的开发情况，了解其销售状况。核对房源销售平面图。调查询问阁楼是否单独作价出售，询问停车位是否单独作价出售，询问地下室是否单独作价出售。掌握住宅的销售状况，掌握阁楼的销售状况，掌握停车位的销售状况，掌握地下室的销售状况。
将《建设工程规划许可证》中开发项目的相关信息，包括建筑面积、容积率、可销售面积、不可销售面积以及公共配套设施等，与账面记载面积、实地开发面积进行核对，以检查是否存在私改规划、增加可售面积且销售后不计收入的问题。
调查部分买受人，核实开具发票的金额与所收取的价款是否相符。是否存在将销售的阁楼、停车位、地下室以及精装房装修部分所取得的价款单独开具收款收据的情况。买受方预交房款的账户是否为个人账户，而非房地产开发企业的账户。房地产开发企业是否利用个人账户来隐瞒收入。
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核查是否有将未售房屋等进行出租的情况，核查是否收到租金后未记或少记收入，核查是否未按规定申报缴纳增值税
将未售出的房屋出租，取得租金收入未计或少计且未申报纳税；将未售出的商铺出租，取得租金收入未计或少计且未申报纳税；将未售出的车位出租，取得租金收入未计或少计且未申报纳税。或者发生售后返租业务，以冲减租金后实际收取的款项作为收入，而冲减的租金未计收入申报纳税。
同时查看“其他业务收入”科目，确定该科目中是否有租金收入的记载。
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核查是否存在从事小产权房开发，未按规定申报缴纳增值税的情况
小产权房无需办理不动产登记，对票据也没有严格要求。房地产企业获取小产权房的售房收入后，将其挂在往来科目中，不会向税务机关申报并缴纳应缴纳的各项税款。
核查的方法是重点对“其他应付款”科目的大额款项进行核查，查看是否存在将收入款项计入往来科目而不申报缴纳增值税的情况。
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核查是否存在代收代缴款项未按规定申报缴纳增值税的情况
开发企业向买受方收取的各项费用，包括手续费、基金、集资费、管理费、奖励返还收入、代收款项、代垫款项等各种性质的价外费用，是否按照规定确认收入并进行申报纳税。
4. 核查这些业务事项是否未按规定确认收入并申报纳税。
核查开发企业的代收款项所开票据的情况，看其是否为省级以上（含省级）财政部门监（印）制的财政票据。核查所收款项是否全部上缴财政。如果不符合上述条件，就应该确认收入并申报缴纳增值税。
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核查是否存在以下情况：收到“土地返还款”，且这些“土地返还款”被用于“拆迁补偿”，同时未按规定申报缴纳增值税。
开发企业把建筑物拆除这项劳务外包给了建筑公司，以扣除支付给建筑公司的分包款之后的余额当作销售额，运用简易计税方法，按照 3%的征收率来缴纳建筑服务的增值税；
企业为政府部门支出拆迁补偿费的行为属于“经纪代理服务”。这种情况下，是以扣除代付的动迁补偿费用后的余额作为销售额。并且，需要按照 6%的税率来缴纳代理服务增值税。
核查开发企业往来账户和开发成本账户，查看是否存在将政府返还的“土地款”直接用来冲减开发成本的情况，以及是否未按照规定计提增值税。
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核查是否有合作开发项目分配给其他股东的商品房，这些商品房是否未按规定申报缴纳增值税
政策解析:
目前土地市场的规范性日益增强，土地使用的“招拍挂”机制也逐渐规范。在土地使用规划方面，倾向于对大宗土地进行整体开发使用，这对开发企业的资金和规模要求较高。因此，开发企业有可能联合其他开发企业共同购买土地，然后成立项目公司进行开发。
有的开发企业在拿到土地之后，自身没有足够的资金去进行后续的开发。在这种情况下，它们可能会与那些拥有充裕资金但却没有土地的开发企业一起，共同成立一个项目公司。
有些企业没有开发资质但拥有土地，它们与有开发资质的开发企业联合起来，成立了项目公司。
开发企业若在非机构所在地获取土地，那么土地所在地的相关部门将会要求在该地成立独立法人企业。
上述四种项目公司，在进行利润分配时，若存在直接将开发产品予以分配的情形，就应当把这种行为视同销售开发产品，并且申报缴纳增值税。
核查方法包括：首先要了解开发企业的股权构成；其次要理清开发企业与项目公司的关系；还要理清股东利润分配的形式；最后要核查规划面积与销售面积是否一致。
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4. 未按照规定申报缴纳增值税。
政策解析:
开发企业未在合同约定时间交房，由此产生的违约金属于合同之债。若用地下室来抵顶违约金，应按销售不动产进行账务处理并缴纳增值税；若用车库抵顶违约金，也应按销售不动产进行账务处理并缴纳增值税；若用装修所需建材抵顶违约金，则应按销售货物进行账务处理并缴纳增值税。
商品房被用来抵顶建筑商的工程款，其本质在于建筑商向开发企业购买房屋并支付购房款，同时开发企业向建筑商支付工程款。在实际情况里，当用商品房去抵顶建筑商的工程款时，开发企业通常会给予建筑商较为优惠的价格，房价与工程款之间常常会存在差额。在甲供工程的情形下，开发企业把房屋抵给材料供应商，这种情况应被视为销售并缴纳增值税。以商品房来抵顶工程款和材料款时，需要关注房屋的作价情况，要确保其作价与销售给没有关联关系的第三方的价格是保持一致的。
核查方法:
进行实地核查工作。
核查开发企业签订的建筑合同总金额与实际支付总金额之间是否存在差额，以及是否将抵顶款项记录在往来款当中。
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核查是否存在开发企业间资金拆借未按规定申报缴纳增值税的情况
关联企业或同一集团企业间存在非统借统还性质的资金使用情况。依据财税〔2016〕36 号附件 1《营业税改征增值税试点实施办法》的规定，这种情况要按视同销售服务、无形资产或者不动产来进行处理。
核查是否以其他名义收取资金占用费等未按规定计提增值税。
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核查是否按照规定来确认纳税义务发生的时间，以及是否按照适用税率来申报销售额和应纳税额。
纳税人发生应税行为是纳税义务发生的前提。房地产公司销售不动产时，其一，以房地产公司将不动产交付给买受人的当天作为应税行为发生的时间；其二，在辨别具体交房时间时，以《商品房买卖合同》上约定的交房时间为准；其三，若实际交房时间比合同约定时间早，就以实际交付时间为准。
是否存在这样的情况，即符合纳税义务发生时间的确认条件，但却未进行申报并补交差额的增值税。对于房地产公司销售自行开发的房地产项目并适用简易计税方法计税的，应当按照《试点实施办法》第四十五条所规定的纳税义务发生时间，以当期的销售额以及 5%的征收率来计算当期应纳税额，在抵减已预缴的税款之后，向主管国税机关进行申报纳税。
房地产纳税人采用简易计税方法时，应纳增值税的计算方式为：当期销售额乘以 5%再减去已预缴税款，即全部价款和价外费用除以（1 + 5%）后乘以 5%再减去已预缴税款。
房地产公司销售自行开发的房地产项目若适用一般计税方法计税，需以当期销售额乘以 11%（或 10%、9%）的适用税率来计算当期应纳税额，然后用计算出的应纳税额抵减已预缴的税款，最后向主管国税机关申报纳税。
房地产纳税人采用一般计税方法时：应纳增值税等于销项税额减去进项税额再减去已预缴税款；也等于当期销售额乘以适用税率减去进项税额再减去已预缴税款；还等于（全部价款和价外费用减去当期允许扣除的土地价款）除以（1 加适用税率）乘以适用税率减去进项税额再减去已预缴税款。
5. 责令开发企业提供并打印有关纸质合同。依据纳税义务发生时间，先按照合同金额除以（1 加适用税率或征收率），算出应确认收入的金额，接着用该金额乘以适用税率（或征收率），然后减去纳税人已预缴税款，最终就能算出应补缴增值税的数额。
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核查企业纳税义务发生时间确认标准是否符合一贯性
政策解析:
《营业税改征增值税试点实施办法》第四十五条规定，增值税纳税义务发生时间为：纳税人发生了应税行为，并且收讫了销售款项，或者取得了索取销售款项的凭据，就在当天；先开具发票的，那么开具发票的当天就是增值税纳税义务发生时间。
房地产开发企业的增值税销项税额和进项税额在时间上存在错配情况。具体而言，在开发阶段，有较多的进项留抵税额。而当开始预售时，需要按照收取的预售款预缴增值税，并且在这个时候不能抵扣进项税额。部分房地产开发企业会运用“先开具发票的，为开具发票的当天”这一政策规定。他们在收取预售款时，会直接开具适用税率的增值税发票。在确认销项税额的同时，还会抵扣当期进项税额。这样做的目的是达到不缴纳增值税。检查时需关注：企业在收到预售款时若直接开具了适用税率的增值税发票，那么要查看其是否一直都在适用这种方法，同时还要查看是否存在在进项税额不足的情况下就改为开具不征税发票的情况。
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核查是否存在不符合规定扣除土地价款的情况
政策解析：
从增值税销售额中扣减的当期销售的房地产项目对应的土地价款，应当是当期销售的该房地产项目建筑面积所分摊的土地价款。
扣除拆迁补偿费用时，需要提供相关材料。这些材料包括拆迁协议，以及拆迁双方支付和取得拆迁补偿费用的凭证等。这些材料能够证明拆迁补偿费用的真实性。
3.土地前期开发费用的扣除是否符合规定。
计算销售额时要从全部价款和价外费用里扣除土地价款，就必须取得财政票据，且该票据是由省级以上（含省级）财政部门监制（印）的。
销售自行开发的房地产老项目若适用简易计税方法计税，是否从销售额中扣减了相应的土地价款。
若没有《建筑工程施工许可证》，则查看建筑工程承包合同所注明的开工日期。
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向施工单位转供水电是否申报缴纳增值税
检查施工合同中有关施工单位耗用水电费的约定条款，包含水电表的读数情况以及水电费款项的结算方式等方面。同时，核查向施工单位转供水电时，是否按照规定申报并缴纳了增值税。
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安置房是否按照规定确认纳税义务发生时间并准确申报销售额和应纳税额？公租房是否按照规定确认纳税义务发生时间并准确申报销售额和应纳税额？廉租房是否按照规定确认纳税义务发生时间并准确申报销售额和应纳税额？
三是在理清业务的基础之上，重新对相关税款进行计算，并且与企业进行的涉税处理进行对比，以此来发现问题。
